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ネットショップ初心者の会計ソフトはどれ?EC運営20年の店長が教える選び方

公開:2026年10月5日読了:約5分

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この記事で分かること

売れ始めたら、次は確定申告の壁が来る

ネットショップで最初の注文が入ると、次に必ずぶつかるのが「お金の記録」です。売上・手数料・仕入れ・送料をきちんと残していないと、翌年2〜3月の確定申告で慌てることになります。

EC運営に約20年関わってきて、売上は伸びているのに経理が追いつかず、申告前に数ヶ月分の明細をかき集める初心者を何度も見てきました。この記事では、ネットショップ初心者が会計ソフトを選ぶときの基準と、おすすめのソフトを紹介します。

ネットショップの会計がややこしい4つの理由

ネットショップの経理は、店頭で現金を受け取る商売より複雑です。つまずきやすいのは次の4点です。

ネットショップの会計がややこしい4つの理由。手数料が引かれて入金される、売れた日と入金日がずれる、細かい経費が多い、在庫が残る
4つとも、店頭で現金を受け取る商売では起きにくいことです。
売上から手数料が差し引かれて入金されるため、売上と手数料を分けて記録しないと帳簿と入金額が合わないことを示す図
口座に届くのは、売上から手数料を引いた残りです。帳簿には売上と手数料を分けて記録します。
注文日、発送日、入金日がそれぞれ違う日になるため、いつの売上かを整理する必要があることを示す図
注文日・発送日・入金日がバラバラなので、どの日の売上として記録するかを整理しておきます。

これを手作業やExcelで続けるのは現実的ではありません。だからこそ、最初から会計ソフトに任せるのが一番の近道です。

会計ソフトを選ぶ3つの基準

ネットショップ初心者なら、次の3つを満たしているかで選べば失敗しません。

会計ソフトを選ぶ3つの基準。口座・カード・決済サービスとの自動連携、青色申告とe-Taxへの対応、無料で試せること
連携・申告・お試しの3点がそろっているかを、申し込む前に確かめます。
  1. 銀行口座・クレジットカード・決済サービスと自動連携できるか:明細を自動で取り込めれば、入力の手間が大きく減ります。自分が使うモールや決済サービスに対応しているかを必ず確認しましょう。
  2. 青色申告と電子申告(e-Tax)に対応しているか:令和8年分(2027年2〜3月に申告する分)で青色申告の65万円控除を受けるには、複式簿記で帳簿を付けたうえで、期限内にe-Taxで申告するか、優良な電子帳簿で保存することが条件です。令和9年分からは制度が改正され、e-Taxでの申告に加えて優良な電子帳簿の保存などの要件を満たすと、最大75万円の控除が受けられます。
  3. 無料で試せるか:画面の使いやすさは人によって違います。お金を払う前に、実際に触って確かめるのが一番です。

出典:国税庁「No.2072 青色申告特別控除」。控除額や要件は改正されることがあるため、申告の前に国税庁のサイトで最新の内容を確認してください。

今回紹介する3社のソフトは、いずれもこの3点を満たしています。違いは「使い勝手」と「得意分野」です。

主要3ソフトの比較

個人事業主向けのクラウド会計ソフトは、マネーフォワード クラウド、freee会計、やよいの青色申告 オンラインの3つが定番です。

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ソフト特徴向いている人
マネーフォワード クラウド連携できる銀行・カード・サービスが多く、明細の自動取り込みに強い複数の口座や決済サービスを使う人
freee会計質問に答える形で入力でき、簿記の知識がなくても進めやすい簿記がまったく分からない人
やよいの青色申告 オンライン会計ソフトの老舗で、電話やチャットのサポートが手厚い困ったときに人に聞きたい人
タイプ別の選び方。複数の口座や決済サービスを使うならマネーフォワード クラウド、簿記がまったく分からないならfreee会計、困ったときに人に聞きたいならやよいの青色申告 オンライン
迷ったら、自分がどの悩みに一番近いかで選びます。

料金プランや連携サービスは変わることがあるため、申し込み前に各公式サイトで最新情報を確認してください。

結論:ネットショップ初心者にはマネーフォワード クラウド

ネットショップを始めたばかりの人には、マネーフォワード クラウドをおすすめします。理由は次の3つです。

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ただし、簿記の用語にどうしても抵抗がある人はfreee会計、サポートを重視する人はやよいの青色申告 オンラインも良い選択です。

会計ソフトを始める前にやっておくこと

ソフトを入れる前に、次の3つを済ませておくと後がスムーズです。

会計ソフトを始める前の3ステップ。開業届を出す、青色申告の承認申請をする、事業用の口座とカードを分ける
開業届、青色申告の承認申請、口座とカードの分離の順に済ませておくと、会計ソフトを入れた日から事業のお金だけを記録できます。
  1. 開業届を出す:事業を始めたら、税務署に開業届を提出します。
  2. 青色申告の承認申請をする:青色申告で控除を受けるには、事前に「青色申告承認申請書」の提出が必要です。提出期限があるので、早めに出しておきましょう。
  3. 事業用の口座とカードを分ける:プライベートと混ざると、仕分けの手間が一気に増えます。事業専用の口座とカードを1つずつ用意して、会計ソフトに連携させるのがおすすめです。

提出期限や手続きの詳細は、国税庁のサイトや最寄りの税務署で確認してください。

まとめ:申告シーズン前に「記録する仕組み」を作っておこう

ネットショップの会計は、売上が小さいうちに仕組みを作っておくほど楽になります。確定申告の時期になってから慌てて明細を集めるより、今のうちに会計ソフトを入れて、自動で記録される状態にしておきましょう。

申告までの流れ。今、会計ソフトを入れて口座とカードを連携する。毎月、明細が自動で取り込まれる。翌年2〜3月、記録をもとに確定申告する
今のうちに連携しておけば、申告の時期には1年分の記録がそろっています。

記録が自動で残るようになったら、次はその数字を使って、1個売れるごとに手元にいくら残るかを出してみてください。限界利益から広告費の上限まで出す手順を別の記事で書いています。

迷ったら、まずはマネーフォワード クラウドを無料で登録して、自分の口座やカードがつながるか試してみてください。

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次に読むと、もう一段先に進めます

基本ができたあと、実際に詰まりやすいところを扱っています。

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